一般情况下，日本进口通关流程如下：
1进口货物运入保税区域后，再向海关申报
2海关接到进口申报后进行单证审查和货物查验
3有税货物待企业缴纳关税等税金,获得进口许可证
4海关放行,企业提货
但也存在例外规定，其简要情况如下：
(一)可不进入保税区域条件：
1.散装货物等可不运入保税区域；
2.蔬菜、鱼类等需快速运走的航空货物；
3.风险管理认可的“特例企业”。
(二)可先提货条件：根据规定，具备以下条件，向关长提出关税担保并获得关长同意后，可先提货。
1.贵重品、危险品、有变质、损坏可能的货物；
2.因参加展览会受时间限制的货物；
3.因适用特惠税率待交原产地证书的货物；
4.合同规定卸货后需核实数量，申报时数量还未确定的货物。
(三)先放行，后纳税条件：
符合特例申报制度规定的，可先放行，后纳税。适用特例申报制度的对象主要是通过了安全管理和遵纪守法风险控制机制并经关长批准的“特例进口者”，目的是减少进口者成本，提高便利性。
关于申报人
根据日本《关税法》规定，进口申报可由货物的进口人进行，也可委托经海关批准的通关业者(相当于报关行)办理,日本的通关业者可以是法人，也可以是个人。同时，日本《通关业法》也规定，通关业者的主要业务是接受委托，代理办理向海关申报等通关手续；代理交纳进出货物各种税费等；代理办理关税的更正、退还申请、关税的减免等手续；代理提出行政申诉和复议等。目前，企业为节省时间、减轻雇用专业人员成本、提高效率，多委托通关业者向海关申报，办理通关手续。
报关时进口商除交申报单外，必须提交下列单证：
1、日本进口报单
除了具有进口配额的商品应提交进口许可证外， 其他商品只要提交进口报单。进口报单上必须填明货物的唛头、装货单号码、品名、数量价值；货物的原产地、购买地、起运地载支货和船只或飞机的名称、登记标志及国籍。除此，进口商必须声明
A、进出口双方有无某种特别关系例如总号与分号总公司与子公司、外国供货号与订立独家经营合同的商号等关系；
B 进口商除发原开列的金额外是否必须向出口号 方付给予酬谢费
C，进口商是否需向驻日本的出口商代理人支付其他费用；
D 进口商是否有义务进行推销；
E 发票所一列的价格是否别的折扣；
F 对进口的货物，除按怪票价格付款外，是否须另付款项或使进口商增加其他负担。
2、商业发票
海关没有规定特别的形式， 但至少需带有发货人签字。商业发票供海关估价之用，必须列明：
A 唛头号码名称货名全称、布鲁塞尔税则目录号列数量：
B 商品的总价和单价；
C 明细费用， 包括运费、保险费和装运杂费；
D 毛、净重；E 填写发票的地点和日期；
F 目的地和受货人；
G 关于决定货价的合同条件。
3、装箱单
4、产地证明书刊号
产地证明书一般由当地商会或日本领事馆、外交官在商品的生产政府采购、一般买或装船的地方邓以认证
5、提单
三份已签字的正本提单如系空运则为代运单，通常经由银行转交，另外到嫠两分未签字的副本直接交给予受货人。实际需要的项目通常在受货人的信用证中有详细说明
6、其他海关体价征税证
进口商如因某种原因不能呈交发票或因发标上所交资料不足， 不能用以估定货价，海关可调取载有详细运费保险峰费包装费及货价表的书面合同及其他证件。进口货物如系动植物，同必须符合农林省动植物进口检疫规则，附有检验证书。进口商或春代理人在向海关办理进口报关的同时， 应附交进口税报单3份。第批货物应缴纳的税款由进口商蔌其他代理人自行计算并填具在进口税报为词通关，进口商庆掌握有关货物完整详细的资料若有疑问要要求海关进口，经解答后填报。
日本关税政策
1．进出口商品的分类和关税率
1987年之前，日本作为海关合作理事会关税税则目录(CCCN)协议的签约国，在外贸进出口商品分类方面一直使用CCCN分类系统。从1988年1月1日起，日本开始采用编码协调制(HS)系统。
关税率由"海关税率法"确定并予以公布。在发达国家中，日本的平均关税率比较低，特别是工矿产品的平均税率只有2.1%。
2. 关税的减免、退还和偿还
(1)减免
日本的关税减免有"有条件减免"和"无条件减免"两种形式。有条件关税减免又分为"限制性减免"和"普遍减免"，享受何种待遇主要取决于货物进口后的用途。此外，关税减免又可分为"永久性减免"和"临时性减免"，这主要取决于所依据法律的稳定性。
有资格申请关税减免的进口商是有限制的，而且对经关税减免后进口货物的使用和用途有较严格的限制。
(2)退还
预付关税后，发现货物符合减免部分或全部关税的规定，允许退还部分或全部关税。目前，日本的退税对象主要适用于被退回或被毁坏的货物，以及为生产出口产品所进口的原材料等。
(3)偿还
关税偿还与退还相似，二者的区别在于：关税退还的对象为关税交纳者，而偿还则不一定必须付给实际纳税人，也可偿还给法律事务所指定的人。
日本商务签证
三、最新办理日本商务签证所需材料说明如下：
日方提供材料:
1. 招聘理由书原件
2. 滞在预定表原件
3. 身元保证书原件
4. 藤本原件( 现在事项全部证明书)，有效期3个月内。四季报复印件。
注: 身元保证书中的身元保证人必须是在藤本中的公司取缔役中的人
中方提供材料:
1. 护照 （至少有6个月有效期,如有旧护照请一并提供）
2. 彩色照片2张2寸(白色背景)
3. 申请表格(申请人本人签字)
4. 派遣函原件（加盖公章）
5. 营业执照副本复印件
6. 户口本(户口本上工作单位必须为目前工作单位)及本人页复印件
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